Le principali comunità vegetali censite mediante la campagna fitosociologia sono descritte nella relazione del Sistema Naturale e riportate nella Carta della vegetazione della Riserva Naturale Regionale del Monte S. Vicino e del Monte Canfaito (scala 1: 10.000).

Per la vegetazione forestale si rilevano le seguenti tipologie di bosco:
Bosco a dominanza di leccio (Quercus ilex) (costoni calcarei semirupestri esposti a sud)

Bosco a dominanza di roverella (Quercus pubescens s.l.) (dei versanti calcarei detritici esposti a sud)

Bosco a dominanza di roverella e cerro (Quercus cerris) (dei versanti calcarei esposti a sud e ricoperti da paleosuoli rossi decarbonati e ferrettizzati)

Bosco a dominanza di carpino nero (Ostrya carpinifolia) (dei versanti calcarei esposti a nord)

Bosco a dominanza di cerro (dei versanti calcarei esposti a nord, delle fasce colluviali poco acclivi, ricoperti da paleosuoli rossi decarbonati e ferrettizzati)

Bosco a dominanza di faggio (Fagus sylvatica) (dei versanti calcarei montani (per lo più oltrei 1000 m) prevalentemente esposti a nord)

Boschi e boscaglie igrofile delle sponde fluviali

Per la vegetazione arbusiva:
sono prevalentemente presenti gli arbusteti e boscaglie rade a prevalenza di ginepri o ginestra che ricoprono ex ambiti pascolivi ed agricoli.

Per la vegetazione erbacea:
Pascolo a cotico erboso aperto a dominanza di forasacco eretto (Bromus erectus) (dei versanti calcarei esposti a sud, talvolta intercalato a garighe cespugliose a santoreggia montana (Satureja montana)

Pascolo a cotico erboso chiuso a dominanza di forasacco eretto (dei versanti calcarei esposti a nord o delle sommità montane semipianeggianti, talvolta inframmezzato a prati-pascolo a covetta dei prati (Cynosurus cristatus), che occupano prevalentemente il fondo delle vallecole pianeggianti)

Pascolo a cotico erboso aperto a dominanza di sesleria dell’Appennino (Sesleria juncifolia) delle creste rocciose dei macereti calcarei. Infine la vegetazione sinantropica si rileva nelle aree agricole con colture annuali ed incolti a dominanza di falascone (Brachypodium rupestre)

Menzione a parte merita la faggeta di Canfaito le cui aggiornate peculiarità sono reperibili nel libro “Alberi monumetali delle Marche”, curato da Valido Capodarca, uno dei maggiori esperti di alberi monumentali d’Italia. In esso scopriamo non solo le dimensioni dei tre principali alberi presi in esame (1° albero: circonferenza m. 6,42, altezza m. 25, chioma m. 20, età anni 500; 2° albero: circonferenza m. 6,70, altezza m. 22, chioma m. 16, età anni 500; 3° albero: circonferenza m. 4,35, altezza m. 18, chioma m. 25, età anni 200), ma anche l’etimologia del nome Canfaito, che deriva dall’unione delle parole latine “campum” e “faitum” ovvero “campo di faggi”.